Dalam rangka peningkatan dan pengembangan karakter generasi Bangsa Indonesia yang berkepribadian Islami, STAI Seram Timur ingin berpartisipasi dengan cara membangun sistem perkuliahan yang berpangkal kepada sistem pendidikan yang fungsional dan profesional. Sistem tersebut melingkupi Tiga Prinsip (Tri Dharma) Perguruan Tinggi, yaitu :
1.Pendidikan dan Pengajaran
2.Pengabdian Masyarakat
3.Penelitian
Seperti halnya perguruan tinggi pada umumnya, STAI Seram Timur, juga menggunakan Sistem Kredit Semester (SKS) dalam pelaksanaan perkuliahannya, terutama untuk menyelesaikan masa studi selama 4 tahun di jenjang strata 1 (sarjana).
Sarana dan Prasarana di STAI Seram Timur
- Ruang kuliah, ruang seminar, ruang ujian skripsi, laboratorium, perpustakaan, lokasi komplek prasarana olah raga, prasarana ibadah.
- Pendukung perkuliahan berbasis TIK, alat-alat peraga, dan buku-buku referensi baik melalui sumber dana dari hibah kompetensi, dana incidental maupun sumbangan alumni. Dengan demikian diharapkan akan memudahkan dosen dan mahasiswa untuk melaksanakan pembelajaran dan penelitian.
- Fasilitas internet gratis di lingkungan kampus untuk mendorong komunikasi dan interaksi antar dosen, dosen-mahasiswa, dan antar mahasiswa yang lebih aktif dan berkualitas
