STAI Seram Timur didirikan pada tahun 2000, berawal dari keresahan sejumlah tokoh masyarakat Seram Timur yang menyaksikan dampak dari konflik Maluku Tahun 1999 yang telah mengakibatkan banyak putra-putri di Seram Timur yang tidak bisa melanjutkan pendidikan ke Ambon ataupun daerah lain karena terhalang konflik. Oleh sebab itu beberapa tokoh Seram Timur yang dipelepori Bapak Idris Rumalutur, SE, bersama beberapa orang tokoh lainnya, yakni Ismail Kelderak, Utha Rumalutur, Raat Rumfot dan lain-lainnya bermaksud mendirikan sebuah perguruan tinggi di Seram Timur.
Cita-cita tersebut mengalami kendala karena keterbatasan keuangan dari anggota tim. Pengurusan sebuah sekolah Tinggi baru dilakukan di Makassar dan membutuhkan biaya yang besar. Maka Idris Rumalutur dan kawan-kawan mengumpulkan sumbangan warga masyarakat Seram Timur dengan penjualan korek api yang diedarkan dari desa ke desa di Seram Timur. Masyarakat Seram Timur yang menyetujui ide tersebut mendukung dengan membeli korek api yang dijual tim pendiri STAI Seram Timur. Namun uang sumbangan yang terkumpul jauh dari cukup untuk membiayai anggota Tim berangkat ke Kota Makasar. Akhirnya Ny. Hayati Rumalutur (istri dari Bapak Idris Rumalutur) meminjamkan sejumlah uang simpanannya untuk digunakan oleh dua anggota tim, yakni Bapak Idris Rumalutur dan Bapak Raat Rumfot untuk berangkat ke Makassar.
Rencana awal adalah berkoordinasi dengan Yayasan UMI Makassar untuk membuka kelas cabang atau filial di Seram Timur. Namun niat tersebut urung dilakukan setelah anggota Tim bertemu bapak Dr. Salahudin Yasir yang pada saat itu menjabat sebagai Sekertaris Kopertis. Beliau justru menyarakan agar anggota tim mendirikan perguruan tinggi sendiri sehingga bisa dikembangkan di masa depan. Beliau juga memberi masukan agar anggota tim mengurus pendirian sebuah yayasa terlebih dahulu. Akhirnya bertempat di sebuah kantor di kota Makassar Tim mendirikan Yayasan Gita Tita Falamuri. Gita Tita Falamuri adalah Bahasa Seram Timur yang artinya Suara Gendang Telah Ditabu, hal ini bermakna bahwa tim telah menabuh gendang perubahan dengan mendirikan sebuah perguruan tinggi di Seram Timur.
Bapak Idris Rumalutur ditunjuk sebagai Ketua Yayasan Gita Tita Falamuri Seram Timur yang akan berfungsi sebagai lembaga yang mendirikan perguruan tinggi di Seram Timur. Setelah berdiskusi dengan berbagai pihak di Makassar, akhirnya anggota memutuskan sebuah Sekolah Tinggi Agama Islam. Pertimbangannya adalah bahwa masyarakat Seram Timur hampir 100% beragama Islam dan mereka tentu akan mendukung eksistensi perguruan tinggi ini. Selain itu ada dukungan yang kuat dari Pimpinan Koordinator Perguruan Tinggi Islam Wilayah VIII yang mewadahi Sulawesi, Maluku dan Papua.
Setelah memasukan sebuah dokumen ke Kopertais Wilayah VIII, maka tim kembali ke Seram Timur dan melakukan persiapan-persiapan, termasuk mengumpulkan dokumen administrasi lain yang disyaratkan oleh Kopertais Wilayah VIII. Tim Yayasan Gita Tita Falamuri juga berkoordinasi dengan berbagai pihak untuk mencari gedung agar proses perkuliahan sementara dan pada saat itu dipustuskan untuk menggunakan gedung M.Ts Seram Timur, Gedung SMP dan SMA Negeri Geser.
Meskipun dihadapkan dengan tantangan dan hambatan yang begitu berat saat proses pengadaannya, namun para tokoh pejuang STAI Seram Timur tidak pernah menyera ataupun gentar, dengan semangat dan daya juang yang tinggi, Ketua Yayasan (M. Idris Rumalutur, SE) serta anggota Gita Tita Falamuri mengambil langkah-langkah strategis sehingga mendapat dukungan baik dari kalangan orang-orang yang berpendidikan tinggi maupun lapisan masyarakat luas, khususnya masyarakat Seram Timur yang pada saat itu masih bergabung di dalamnya yakni Kecamatan Kimury, Tutuk Tolu, Lian Fitu, Kian Darat maupun Ukar Sengan.
Hasil dari tekanan serta hambatan-hambatan itu ternyata pada tanggal 4 februari tahun 2000 mendapat respon positif dari Kementerian Agama RI melalui Kopertais Wilayah VIII untuk berdirinya STAI Seram Timur. Koordinator Kopertais Wilayah VIII mempersilahkan Yayasan Gita Tita Falamuri untuk mulai menerima mahasiswa baru sambil menunggu izin operasional yang akhirnya terbit pada tanggal 7 November 2001. Dalam Surat tersebut juga disampaikan bahwa Kopertais Wilayah VIII menyetujui pendirian STAI Seram Timur dengan 2 jurusan, yakni; Program Studi Ahwal Al-Syakhsiyah dan Program Studi Pendidikan Agama Islam (Tarbiyah). Berdasarkan Surat tersebut maka Yayasan Gita Tita Falamuri Seram Timur kemudian mengangkat Bapak Ismail Kelderak Sebagai Ketua STAI Seram Timur yang pertama.
Berdasarkan Keputusan Direktur Jendral Kelembagaan Agama Islam Nomor Dj.II/153/2002 tentang pemberian status terdaftar program strata satu (S1) jurusan agama Islam Tarbiyah dan Jurusan Ahwal Al-Syakhsyiyyah (Syari’ah). Depertemen Agama Republik Indonesia Tahun 2008 nomor : Dj.I/Dt.I.IV/HK.00.5/89 perihal Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi pada PTAIS. Surat keputusan Direktur Jendral Pendidikan Islam Nomor : Dj.I/201 tahun 2008 Tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi pada Perguruan Tinggi Agama Islma.