Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Seram Timur didirikan pada tahun 2000 sebagai respons atas keprihatinan sejumlah tokoh masyarakat Seram Timur terhadap dampak konflik Maluku tahun 1999. Konflik tersebut menyebabkan banyak putra-putri Seram Timur tidak dapat melanjutkan pendidikan ke Ambon maupun daerah lain karena terhalang situasi keamanan yang tidak kondusif. Kondisi inilah yang mendorong lahirnya gagasan untuk mendirikan sebuah perguruan tinggi di Seram Timur, agar generasi muda daerah tersebut tetap memiliki akses terhadap pendidikan tinggi tanpa harus meninggalkan kampung halaman.
Gagasan pendirian perguruan tinggi ini dipelopori oleh Bapak Idris Rumalutur, SE, bersama beberapa tokoh lain, yaitu Ismail Kelderak, Utha Rumalutur, dan Raat Rumfot. Mereka bersepakat untuk mewujudkan cita-cita bersama membangun sebuah lembaga pendidikan tinggi bagi masyarakat Seram Timur.
Perjuangan mewujudkan cita-cita tersebut tidaklah mudah, terutama karena keterbatasan dana. Pengurusan pendirian sekolah tinggi baru saat itu harus dilakukan di Makassar dan membutuhkan biaya yang tidak sedikit. Untuk mengatasi kendala tersebut, Idris Rumalutur bersama rekan-rekannya mengumpulkan sumbangan dari masyarakat Seram Timur melalui penjualan korek api yang diedarkan dari desa ke desa. Masyarakat yang mendukung gagasan ini turut berkontribusi dengan membeli korek api yang dijual oleh tim pendiri. Namun, dana yang terkumpul masih jauh dari cukup untuk membiayai keberangkatan tim ke Makassar. Pada saat kondisi tersebut, Ny. Hayati Rumalutur, istri Bapak Idris Rumalutur, meminjamkan sebagian uang simpanannya agar dua anggota tim, yaitu Bapak Idris Rumalutur dan Bapak Raat Rumfot, dapat berangkat ke Makassar untuk mengurus pendirian perguruan tinggi. Kisah penjualan korek api dan bantuan Ny. Hayati Rumalutur ini menjadi bagian penting yang mencerminkan semangat kebersamaan dan pengorbanan masyarakat Seram Timur dalam mewujudkan cita-cita pendidikan.
Rencana awal tim adalah berkoordinasi dengan Yayasan UMI Makassar untuk membuka kelas cabang atau filial di Seram Timur. Namun, setelah bertemu dengan Dr. Salahudin Yasir yang saat itu menjabat Sekretaris Kopertis, rencana tersebut diubah. Beliau menyarankan agar tim mendirikan perguruan tinggi sendiri sehingga dapat dikembangkan secara mandiri di masa depan, serta menganjurkan agar tim terlebih dahulu membentuk sebuah yayasan sebagai badan penyelenggara. Atas dasar masukan tersebut, tim mendirikan Yayasan Gita Tita Falamuri di sebuah kantor di Kota Makassar. Nama Gita Tita Falamuri berasal dari bahasa Seram Timur yang berarti “Suara Gendang Telah Ditabuh”, sebuah ungkapan yang bermakna bahwa tim telah menabuh gendang perubahan melalui pendirian sebuah perguruan tinggi di Seram Timur. Bapak Idris Rumalutur kemudian ditunjuk sebagai Ketua Yayasan Gita Tita Falamuri, yang berfungsi sebagai lembaga penyelenggara pendirian perguruan tinggi di Seram Timur.
Setelah berdiskusi dengan berbagai pihak di Makassar, tim memutuskan untuk mendirikan sebuah Sekolah Tinggi Agama Islam. Pertimbangan utama keputusan ini adalah bahwa hampir seluruh masyarakat Seram Timur menganut agama Islam, sehingga keberadaan perguruan tinggi tersebut diyakini akan mendapat dukungan luas. Selain itu, terdapat pula dukungan kuat dari Pimpinan Koordinator Perguruan Tinggi Islam Wilayah VIII yang menaungi wilayah Sulawesi, Maluku, dan Papua.
Setelah dokumen pendirian diajukan ke Kopertais Wilayah VIII, tim kembali ke Seram Timur untuk melakukan berbagai persiapan, termasuk melengkapi dokumen administrasi yang disyaratkan. Yayasan Gita Tita Falamuri juga berkoordinasi dengan berbagai pihak untuk mencari gedung yang dapat digunakan sebagai tempat perkuliahan sementara. Pilihan akhirnya jatuh pada penggunaan gedung MTs Seram Timur serta gedung SMP dan SMA Negeri Geser.
Proses pendirian STAI Seram Timur dihadapkan pada berbagai tantangan dan hambatan yang tidak ringan. Meski demikian, para tokoh pejuang, termasuk Ketua Yayasan M. Idris Rumalutur, SE, bersama seluruh anggota Yayasan Gita Tita Falamuri tidak pernah menyerah maupun gentar. Dengan semangat dan daya juang tinggi, mereka mengambil langkah-langkah strategis yang pada akhirnya memperoleh dukungan luas, baik dari kalangan berpendidikan tinggi maupun masyarakat umum, khususnya di Kecamatan Kimury, Tutuk Tolu, Lian Fitu, Kian Darat, dan Ukar Sengan yang saat itu masih menjadi bagian dari wilayah Seram Timur.
Perjuangan tersebut membuahkan hasil pada tanggal 4 Februari 2000, ketika Kementerian Agama RI melalui Kopertais Wilayah VIII memberikan respons positif atas pendirian STAI Seram Timur. Koordinator Kopertais Wilayah VIII mengizinkan Yayasan Gita Tita Falamuri untuk mulai menerima mahasiswa baru, sambil menunggu terbitnya izin operasional resmi. Izin operasional tersebut akhirnya terbit pada tanggal 7 November 2001, yang sekaligus menyetujui pendirian STAI Seram Timur dengan dua program studi, yaitu Program Studi Ahwal Al-Syakhsiyah dan Program Studi Pendidikan Agama Islam (Tarbiyah). Berdasarkan surat keputusan tersebut, Yayasan Gita Tita Falamuri kemudian mengangkat Bapak Ismail Kelderak sebagai Ketua STAI Seram Timur yang pertama.
Perkembangan kelembagaan STAI Seram Timur terus berlanjut melalui serangkaian keputusan resmi dari pemerintah. Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor Dj.II/153/2002, program strata satu (S1) Jurusan Pendidikan Agama Islam (Tarbiyah) dan Jurusan Ahwal Al-Syakhsiyah (Syariah) memperoleh status terdaftar. Selanjutnya, Departemen Agama Republik Indonesia melalui Surat Nomor Dj.I/Dt.I.IV/HK.00.5/89 Tahun 2008 mengeluarkan keputusan mengenai perpanjangan izin penyelenggaraan program studi pada Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (PTAIS). Perkembangan ini kemudian dikuatkan dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor Dj.I/201 Tahun 2008 tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi pada Perguruan Tinggi Agama Islam, yang menjadi landasan legal keberlanjutan penyelenggaraan pendidikan di STAI Seram Timur hingga saat ini.